Soruşturmanın derinleştirilmesi üzerine 2 gün sonra 16 Eylül'de MİT ve Ankara Emniyet Müdürlüğü TEM Şubesi'nce Ankara ve Muğla’da ikinci dalga operasyon gerçekleştirildi. Yürütülen çalışmalarda şüphelilerin; örgütün finans faaliyetleri içerisinde aktif rol aldıkları, örgüt üst yönetiminden aldıkları talimatlar doğrultusunda FETÖ mensupları ve ailelerine maddi destek sağladıkları, yurt dışındaki örgüt mensuplarıyla irtibat kurdukları ve Türkiye’den yurt dışına çıkmaya çalışan örgüt mensuplarına iş ve barınma konularında aracılık ettikleri tespit edildi. Şüphelilerin ayrıca, örgüt kapsamında haklarında işlem yapılan kişileri ortak ticari faaliyetler etrafında bir araya getirdikleri, bu kişilere iş imkanı sağladıkları ve yürüttükleri ticari faaliyetler üzerinden örgütün finansmanına katkıda bulundukları belirlendi. Çalışmalarda, şüphelilerin firari örgüt mensuplarının saklanmalarına yardımcı oldukları, örgütün güncel faaliyetlerinin devamlılığını sağlamaya çalıştıkları ve haklarındaki dava süreçlerinin aleyhlerine sonuçlanması halinde yasa dışı yollarla yurt dışına çıkmayı planladıklarına ilişkin tespitlere de ulaşıldı. Soruşturma kapsamında ayrıca, geçmişte Kara Kuvvetleri Komutanlığı'nda görev yapan ve uzun süredir yurt dışında firari olarak aranan bir örgüt mensubuyla irtibat kurulduğu, bu bağlantılar üzerinden örgütün yurt dışındaki faaliyetlerine ilişkin yeni bilgilere ulaşıldığı belirlendi.
İki dalga halinde gerçekleştirilen operasyonlarda gözaltına alınan toplam 7 şüpheli, emniyetteki işlemlerinin tamamlanmasının ardından çıkarıldıkları hakimliklerce tutuklandı. FETÖ/PDY silahlı terör örgütünün güncel faaliyetlerinin, finans yapılanmasının, yurt dışı bağlantılarının ve firari örgüt mensuplarına yönelik yardım faaliyetlerinin tespit ve deşifresine ilişkin çalışmaların sürdüğü bildirildi.
