Uçağın içinde yaşananlarsa daha sonra ortaya çıktı. Buna göre, biri Umman diğeri BAE vatandaşı iki pilot arasında arbede yaşandı. Pilotlardan birinin diğerini bıçakladığı ve bunu ‘uçağı düşürmek amaçlı yaptığı’ ifade ediliyor. İki pilotun boğuşması sırasında uçak 5.000 metreden fazla irtifa kaybederken, yolcular ve uçağın arkasında bulunan diğer pilotların müdahalesiyle saldırgan pilot etkisiz hale getirildi ve uçağın kontrolü sağlandı.
İsrail istihbarat birimleri Mossad ve Şin Bet, ilk etapta olayı terör eylemi girişimi olarak değerlendirdi. Başbakan Binyamin Netanyahu da, pilotlardan birinin bıçaklı saldırı gerçekleştirdiğini doğrularken, saldırgan pilotun Suudi yetkililerce tutuklandığı ve sorgulandığını duyurdu. Netanyahu, İsrailli yolculardan birinin, bir mürettebat üyesiyle birlikte kokpite girerek saldırgan pilotu etkisiz hale getirmeyi başardığını, diğer bir mürettebat üyesinin ise uçağı dengelediğini açıkladı. Savunma Bakanı Israel Katz da olayı terör saldırısı olarak nitelendirdi. Katz, “FlyDubai uçağındaki olay, bir cihatçı saldırı girişimiydi” dedi.
